Il existe deux façon d'envisager les fondements. L'une prend point de vue de l'ontologie, les fondements du monde : la matière, et l'autre celui de l'épistémologie, les fondements de la connaissance : la conscience. De manière surprenante, chacune peut prétendre être le vrai et seul fondement, englober l'autre, en faire une illusion.
Ainsi on peut prétendre, d'un point de vue matérialiste, que la conscience n'est qu'un dérivé de la matière, puisque nous sommes nous même constitués de matière. Y voir une chose irréductible, indépendante du monde matériel, tient de l'illusion, un attachement puérile à notre propre situation (comme on a pu croire que la terre était le centre de l'univers) qu'il faut dépasser. Mais d'un point de vue idéaliste, la matière n'est jamais qu'une représentation, un objet de l'esprit, et c'est s'illusionner que de prendre nos représentations pour la réalité. Ce qui existe vraiment ce n'est pas la matière, mais l'expérience consciente. Le matérialiste dira qu'un relativisme confinant à l'absurde guette l'idéaliste, incapable de rendre compte du monde, de l'objectivité, faisant du succès de la science un miracle, et ce dernier reprochera en retour au premier de proposer une vision du monde elle même absurde, puisqu'incapable de rendre compte de notre existence sans invoquer le surnaturel, et de faire de nos prétendues capacités de connaître le monde dans sa constitution même un miracle.
Il s'agit là d'un clivage qui, sous d'autres formes, traverse l'histoire de la philosophie. On retrouve cette division, par exemple, dans la fameuse querelle des universaux qui oppose réalisme et nominalisme, dans le débat classique entre rationalisme et empirisme, et aujourd'hui, en philosophie des sciences, dans le débat qui oppose empirisme et réalisme scientifique. A chaque fois la question est la même, en quelque sorte : les objets de la connaissance sont-ils dans le monde ou dans notre esprit ? L'épistémologie doit-elle être éludé comme une simple question de point de vue sur le monde, ou au contraire joue-t-elle un rôle essentiel dans notre ontologie ? Ou l'on voit que de manière générale, philosophie des sciences et de l'esprit sont pieds et poings liées.
Si ces débats perdurent depuis l'antiquité, on peut peut-être y voir, à l'instar de van Fraassen, des différences d'attitudes philosophiques plutôt que de réelles positions qu'on pourrait trancher. Il s'agirait de privilégier certaines intuitions plutôt que d'autres : d'un côté l'intuition que nous faisons partie du monde matériel, de l'autre celle que le monde est une représentation. Chacune semble une intuition également valable et forte, dont il est légitime de vouloir rendre compte. Mais quel que soit le camp qu'il choisit, il existe une certaine tension vis à vis du camp opposé que le philosophe doit s'efforcer de résoudre.


